夜间肾脏疼痛的原因具体如下：1、肾脏疾病：如结石、感染等，肾结石患者可以出现严重疼痛甚至绞痛，也可表现为较轻疼痛、局部胀痛甚至刺痛等。另外，肾盂肾炎包括急性肾盂肾炎和慢性肾盂肾炎，甚至肾脏结核等，均可导致患者出现夜间肾疼现象；2、肾脏外疼痛：如局部关节、肌肉和筋膜疼痛导致，需先考虑肾脏疾病导致。患者可以进行局部CT或者核磁检查，根据影像学检查、尿常规和尿培养检查，以及明确是否存在固定姿势时间较久、腰扭伤等情况，判断夜间肾疼具体原因。