在脑梗急性期不建议患者打疫苗，但在恢复期、稳定期可以注射疫苗。大脑相对处于免疫豁免区域，会阻止抗体进入，包括注射疫苗时产生的抗体，若进入脑部，可能会引发脑部疾病或脱髓鞘性疾病，如急性播散性脑脊髓膜炎、脊髓炎、视神经脊髓炎等。所以不建议脑梗急性期患者，尤其在发病前2周打疫苗。大脑存在特殊的保护结构，称为血-脑屏障，可以将血液与大脑成分分开并将IgG等大蛋白隔离于血液系统，而脑梗死会由于患者的局部大脑坏死而导致血-脑屏障破坏。而疾病到达稳定期，即3个月后，血-脑屏障修复已完成，此时患者可以打疫苗，不会损伤大脑而引起神经系统疾病。