肾脏有小囊肿在临床上较为常见，一般情况下，只有极少部分的囊肿能够明确病因，如多囊肾，可明确是一种与染色体突变有关的遗传性病变。但其他绝大部分的囊肿，均无法明确具体病因。因此，只能根据囊肿的情况，进行病因的假设。部分病因的假设，可能与炎症与出血有关。比如可能因肾脏局部出现炎症，导致局部组织坏死、变性，并逐步被机体吸收，进而形成水泡；或者因肾脏的出血性病变后，病变逐渐被吸收，进而表现为囊肿。