患者进行第二次根管治疗时通常不会疼痛，因为首次治疗时需去除发炎牙神经，尽管在麻醉药物作用下进行操作患者仍然感觉到疼痛。但第二次进行根管治疗时由于已经将发炎的牙神经去除，这时主要是清理和疏通根管中可能残留的细菌和污染物，医生通过根管锉或扩大锥在根管内进行操作，通常不会出现神经痛的情况。操作过程中医生会把握好器械长度，尽量避免器械触碰到根尖孔外部，从而不会扎伤根尖孔外部软组织也不会产生疼痛。治疗时需要使用专门的器械测量根管长度，即牙冠最高点到根尖孔长度，通过专门的根管测量仪器测出数值后，保证操作时器械位于测量根管的长度之内，避免触碰根尖孔外部使患者产生疼痛。