真菌分为曲霉菌与念珠菌两种，在曲霉菌和念珠菌的感染中，目前有几类代表性的药物，如曲霉菌的感染，可以用三唑类的伏立康唑、伊曲康唑、泊沙康唑等药物。念珠菌感染主要用氟康唑，棘白霉素类的药物，如卡泊芬净，主要针对念珠菌，对曲酶菌也有效。曲霉菌与念珠菌，主要用于系统性的侵袭性真菌感染的用药。对于浅表真菌感染，如鹅口疮、食道念珠菌感染，可以用制霉菌素漱口或溶于水后口服，以治疗浅表真菌感染，但是不能吸收，不能治疗深部真菌感染。