肠道包括大肠和小肠，大肠可以选择肠镜，即结肠镜，还可以选择钡剂灌肠，为间接影像方法。此外还有胶囊结肠镜，通过服用胶囊，胶囊两端带有摄像头，可以帮助更好的观察结肠情况。肠壁病变通过影像学检查，比如CT，也可以帮助判断肠壁有无占位性病变、炎症的肠壁水肿、全层水肿，通过CT均可以反映出。小肠在检查方式的选择上，目前常用的无创检查方法，包括胶囊小肠镜，即服用1粒胶囊，之后随着胶囊在小肠内蠕动，可以完整拍摄小肠黏膜的照片。这种观察不受人为控制，会随小肠而自然蠕动。另外还有小肠镜，包括单气囊及双气囊小肠镜，由医生和护士配合进行完成检查，可以控制小肠镜到哪个阶段，并对病变进行取活检，甚至进行进一步治疗。