肛瘘手术后炎症越重，则变形可能性越大，炎症逐渐消除后，部分变形可缓慢消退，但复杂肛瘘出现变形的可能性较大，完全消除机会较少。通常疤痕愈合后，3个月左右疤痕软化，基本恢复正常，若3个月后肛门仍变形，则恢复几率较小。通常肛瘘术前便有可能存在肛门变形，常见于复杂肛瘘，虽肛瘘属于良性疾病，但建议发现肛瘘，应及时到医院就诊以及进行手术治疗。若长时间肛瘘，易反复发作，可能由单纯肛瘘变成复杂肛瘘，肛门周围为纵横交错隧道样瘘管组织，导致肛门变形，而复杂肛瘘术后，更易引起肛门变形。