在做普通的根管治疗时，往往肉眼看不到很多的侧支根管，或者在治疗时，有许多的遗漏根管，这时最好是用显微根管，通过显微镜观察，可把侧支根管或者遗漏的根管找出，做好预备、根充；还有一些根尖手术需要显微镜的帮助下来完成。在做根管治疗备洞时，有时候根管壁发生侧穿，这时在显微镜的帮助下，来修补根管侧壁。还有根尖切除，在显微镜的观察下，能够做到肉眼所达不到的效果。