如果早孕期间行B超检查发现孕囊过小，后期胚胎是否可以发育正常需要根据患者月经是否正常具体分析：1、月经规律：孕妇孕囊偏小，可以动态评估孕酮和人绒毛膜促性腺激素(HCG)。如果人绒毛膜促性腺激素(HCG)翻倍不佳，孕酮水平较低，孕囊发育较小，可能会发生胚胎停育。胚胎停育是孕早期胚胎正常淘汰的过程，属于自然淘汰。如果人绒毛膜促性腺激素(HCG)翻倍较好，孕酮水平较高，可以密切观察孕囊发育；2、月经不规律：孕妇要核对孕周，如果孕囊开始较小，后期发育较好，可以观察胎心、胎芽，月经周期较长的孕妇出现胎心、胎芽的时间可能较晚。