滴虫性阴道炎较难自愈，因为滴虫的存活性较强，所以难以自行消退和彻底治愈，需要采用药物治疗，如应用甲硝唑。甲硝唑分为口服和阴道给药两种途径，治疗滴虫性阴道炎，强调伴侣同治。因为性伴侣是导致滴虫性阴道炎发生的直接相关因素，如果性伴侣仅一方治愈，治愈后存在性接触，则会存在另外一方反复交叉感染的风险。另外女性滴虫性阴道炎患者，需要使用甲硝唑类栓剂局部给药，从而治疗症状。另外床单、被褥、马桶盖也应进行彻底消毒，因为这些地方可能会成为间接传染源，从而导致疾病复发。