射精过后出现尿道疼痛的原因主要包括以下几种：1、泌尿系统炎症：比如尿道炎或者膀胱炎，可以引起局部感觉异常或者感觉过敏，而射精相当于刺激，如果存在刺激，感觉异常的膀胱或者尿道可能会发生疼痛；2、生殖系统炎症：患者膀胱、尿道没有异常，但是可能存在前列腺炎、精囊炎等生殖器官炎症，局部炎症也可引起疼痛，勃起向后尿道进行放射。另外，射精时，精囊、前列腺会产生兴奋，可以引起局部收缩而造成疼痛，也可放射到尿道而造成尿道疼痛。