消化道出血介入治疗以后可能会出现并发症，例如出血部位再次出血或治疗局部充血、水肿，引起梗阻以及在出血治疗部位出现组织破坏，造成溃疡。另外因为黏膜本身因素，治疗以后会出现治疗局部部位疼痛。 如果局部治疗时间过长或侵害组织过深，甚至会造成治疗部位和邻近健康脏器间出现新通道，即病理性通道，称为瘘管。例如在食管癌治疗当中出血，因为治疗出血会形成气管间的病理通道，胃内容物会进入气管，形成感染或呛咳等。