在阴道内灌注臭氧，进行治疗霉菌，也是可行方法，但单纯治疗难以完全治愈。阴道为螺纹状环境，存在较多且较深的沟壑。若霉菌残存于阴道深处，可能无法治疗，无法保证100%将霉菌杀灭干净。阴道为温暖潮湿的环境，难以完全治愈，所以单纯靠臭氧3天治愈的可能性较小。治疗霉菌通常要求序贯治疗，若本月治疗后效果较好，则次月即使无症状，也仍需进行药物治疗，以防出现新霉菌。此治疗方法虽无法保证完全治愈，但可以降低复发几率。