出现头疼、肚子疼的原因包括胃肠道疾病或脑炎，具体情况如下：1、胃肠道疾病：痢疾、胃肠炎等胃肠道疾病不仅会造成肚子胀以及疼痛疼，也会表现为全身的症状，如诱发头疼。急性胃肠炎以及痢疾等疾病会造成腹腔消化道的受损，而在罹患胃肠炎过程中，胃肠道产生的炎症因子以及感染诱发的毒素也会造成全身组织脏器的受累，导致乏力、头疼等全身症状的出现；2、脑炎：头疼也可能是由于脑炎所引起，脑炎不仅会产生头疼的症状，部分患者也会并发肚子疼痛的症状。