小拇指关节上骨头凸起疼的原因如下：1、软组织原因：小拇指头关节上的骨头凸起，有可能是骨关节炎，导致局部出现腱鞘囊肿。这时应该是软组织包，是腱鞘囊肿，外有囊壁，内是胶冻样的炎性渗出物、渗出液，可以通过穿刺把里边的内容物挤出，或者通过手法给挤破，严重者可以通过手术将囊肿切掉；2、骨关节病：可能是因为严重的关节骨关节病，导致关节软骨磨损、骨头增生，增生的骨赘较大，导致小拇指头关节上的骨头凸起。这时处理比较麻烦，有骨性的结构损伤，软骨磨损很难恢复，不做手术无法去掉凸起。可以先通过保守治疗，外用消炎止疼的药膏、膏药，口服消炎止疼的药物，少用手、少干活，疼痛应该能够得到一定的缓解。