排尿结束时出现尿道疼痛的原因，主要包括以下几种：1、尿道炎：在排尿结束时尿道括约肌收缩，膀胱颈口关闭，由于炎症刺激会导致患者出现疼痛；2、前列腺增生：多见于老年男性患者，会出现前列腺周围血管充血、扩张，有时会合并膀胱颈口或前列腺部的炎症，甚至出现瘢痕，导致患者在排尿结束时感觉疼痛；3、其他原因：如尿道结石、尿道狭窄等，也会造成患者排尿后疼痛。