慢性胃肠炎往往分为慢性胃炎和慢性肠炎，慢性胃炎主要是通过胃镜的诊断，胃镜分为无痛胃镜和普通的胃镜，普通胃镜做的时候稍微有点不适感，有恶心呕吐的症状，有心理障碍的患者可以选择无痛的胃镜，当然无痛胃镜是禁用于一些严重的心脑血管疾病和孕妇患者。慢性肠炎可以做肠镜，可以查大便的常规和隐血，甚至于可以查大便内是否有寄生虫。一些老年患者，不适合做胃镜的时候可以选择上消化道钡餐或者是碘水造影，慢性肠炎不适合做肠镜的患者，也可以选择钡剂灌肠检查，甚至于做CT。