非典型性肺炎有别于典型性肺炎，也就是常见的肺炎而命名。非典型性肺炎常见的病原体包括支原体、衣原体、军团菌、立克次体等与常见病原体不同的病原体，导致肺部炎症的表现有别于常见肺炎表现，所以起名为非典型性肺炎。部分群众常将非典型性肺炎与2003年的SARS非典相混淆，SARS非典称为急性严重性呼吸窘迫综合征，经过研究确定病原体传染性冠状病毒引起，与非典型肺炎不同，不要相混淆。非典型性肺炎发病原因主要是自身免疫功能下降、外来因素干扰感染相关的病原体，发生非典型性的肺炎。