小便的时候阴部疼，主要有以下几个原因；1、炎症：包括尿道或膀胱炎症，在排尿的时候会导致阴部疼痛。还有阴部炎症，包括阴道炎或者是前列腺炎，患者在排尿的时候会出现疼痛。2、膀胱结石：在排尿的过程当中尿道存在梗阻，也会导致阴部放射性疼痛。因此，在排尿时候伴有疼痛，大部分的情况和细菌感染有关。还有部分和结石、肿瘤有一定相关性。对于这种情况，建议去医院验尿，并做B超、CT等检查，明确到底是什么原因所造成。