早上起来头疼有多种原因，具体如下：一、原发性头疼：如偏头疼、丛集性头疼、紧张性头疼，均为良性特发性的头疼，均可引起晨起头疼。二、继发性头疼：1、继发于全身系统性疾病，如发烧、血压增高、代谢中毒性脑病，均会引起头疼；2、继发于颅内外器质性的疾病，如脑炎、脑膜炎、头颅外伤、头皮挫裂伤、硬膜下血肿、脑血管病、脑出血、蛛网膜下腔出血、静脉窦血栓形成，或者头面部五官的器质性损伤，如外耳道炎或牙周炎、牙髓发炎、鼻窦炎、青光眼均可引起晨起头疼。