神经系统免疫疾病种类相对较多，常见中枢多发性硬化、视神经脊髓炎、神经根性的格林-巴利综合征，以及周围性累及肌肉的多发性肌炎。根据受累部位，神经免疫系统疾病早期症状有所不同，可出现眼睛一侧或两侧视力下降，也可出现偏侧瘫痪或单瘫，一只手或一侧下肢无力。另外也可出现截瘫，即两个胳膊两条腿都出现不同程度瘫痪。再一个就是感觉异常，出现一侧手臂感觉过敏或感觉过度，疼痛、麻木，与一般脑梗造成的感觉缺失有所不同，主要是刺痛、烧灼样疼痛或蚁爬感。另外也可出现共济失调，走路不稳。除神经系统症状外，患者通常合并发热、皮疹、关节疼痛等自身免疫性疾病症状。