月经第三天比第一天还疼可能有以下原因：
1. 子宫内膜炎：细菌感染容易引起子宫内膜炎，常伴有发热、痛经等症状，也会出现月经来第三天还疼的现象。女性可以遵医嘱服用盐酸左氧氟沙星胶囊、红霉素片等药物进行治疗。
2. 饮食不合理：如果在来月经期间不注意饮食健康，经常吃雪糕、冰淇淋等比较寒凉的食物，容易使子宫收缩，从而出现月经来第三天还疼的现象。女性可以通过调整饮食结构的方式缓解不适症状，多喝小米粥、蔬菜粥等温热、较为清淡的食物。
3. 腹部着凉：月经期间如果没有做好局部保暖工作，经常穿露肚脐的衣服，可能会对局部造成一定刺激，出现月经来第三天还疼的现象，女性可以通过热水袋热敷腹部、按摩等方式进行改善。
此外，还可能是痛经、内分泌紊乱、精神压力大等原因导致。建议及时就医，明确病因，在医生的指导下进行相应的治疗。
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