体检时身高矮了5cm可能有以下原因：
1. 鞋子高低问题：本次体检穿的鞋可能比之前的低。
2. 体检时未抬头挺胸。
3. 体检时医院及仪器设备的不同。
4. 椎间盘受压变薄：上午往往比下午身高要高一些，由于椎间盘有弹性，受到压力之后会变薄，使人体身高比早晨要矮一些，因此下午量身高会比较矮。
5. 体内对关节、骨骼的营养素缺乏，导致身高变矮。
此外，还可能是体型因素、体重因素、饮食因素、遗传因素、甲状腺功能减退症等原因导致。如果对身高变化有疑虑，建议咨询医生获得更专业的诊断和治疗建议。
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