肾结石软镜手术对身体有一定的伤害，主要考虑以下因素：
1. 输尿管损伤：在放置输尿管鞘的时候，有可能对输尿管黏膜造成损伤，甚至引起输尿管撕脱、热损伤、穿孔等，严重时还会出现输尿管断裂的现象。
2. 感染：手术过程中，因光纤较细，所以碎石效率不高，若手术时间过长，易出现逆行感染，出现肾积脓、高热等症状，引起严重的感染。
3. 并发症：输尿管黏膜受损、结石刺激输尿管黏膜等，会引起输尿管狭窄等并发症，患者常可表现腰背部酸胀、疼痛等不适。
建议进行肾结石软镜手术的患者，在手术后出现不适时，及时就医，明确病因，进行针对性治疗。
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