CT和核磁共振主要在成像原理、辐射程度、扫描速度、成像参数以及禁忌证等方面存在区别。
1. 成像原理：CT检查是利用X射线电子计算机进行断层扫描，观察X射线减退，最终将变化结果转化为图像信息。核磁共振检查是让患者完全进入磁场，通过无线电射频发生器发出射频脉冲，促进人体内各个部分产生各种弛豫时间，最终整理检测到的数据并详细计算得到图像。
2. 辐射程度：CT检查会产生少量辐射，辐射程度与扫描方式有关，如CTA和平扫的辐射量不同，而且不同的检查部位受到的辐射也不相同。核磁共振检查无电离辐射风险。
3. 扫描速度：CT检查的速度较快，随着64排、320排螺旋CT及双源CT成像速度逐步提升，即使同时做头部、面部、颈部、胸部和腹部的增强CT，也只需要几分钟而已。核磁共振的成像速度比较慢，做一个部位的成像通常需要10～20分钟。
4. 成像参数：CT对例如急性期脑出血、蛛网膜下腔出血、钙化等病症显示较为敏感。核磁共振具有良好的软组织分辨率，能够获得丰富的诊断信息，对于肌肉、神经等组织病变的诊断具有重要意义。
5. 禁忌证：磁共振禁忌证比较多，例如不适用于有铁磁性植入物，还有心脏起搏器，早期妊娠和幽闭恐惧症等患者。
总体而言，CT和核磁共振在很多方面各具优势和不足，需要根据具体检查需求和患者情况选择合适的检查方法。
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