牙根底下发黑可能有以下几种原因：
1. 牙根暴露过多：牙根暴露过多，容易附着食物残渣和牙菌斑，久而久之形成牙结石。而牙结石会不断刺激牙槽骨，导致牙根暴露更多，形成恶性循环。
2. 刷牙方法不正确：如果刷牙方法不正确，口腔滞留的食物没有得到及时清除，可能会导致牙菌斑积累，进而形成结石，使牙齿逐渐龋坏、着色变黑。
3. 牙周炎：如果牙齿本身结构有问题，或者因为服用某些药物（如四环素）等，可能会引起牙齿颜色变黑。
4. 牙齿染色：可能原因为食用深色食物（可乐、咖啡等）或抽烟。
当出现牙根发黑的情况时，建议及时到牙周病科就诊，进行牙周治疗。如果是牙结石，医生会采用超声龈上洁治术和龈下刮治术，将牙结石清理干净，以保证牙周组织健康。如果是龋齿，医生会磨除龋坏的牙体组织进行修补，以恢复之前牙体的形态。如果是氟斑牙或四环素导致的牙齿颜色变黑，可能需要进行牙齿美白或修复。
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