手指甲有小坑坑洼洼可能是以下原因导致的：

1. 营养不良：可能是由于患者长时间挑食，导致饮食不均衡，体内缺乏钙、铁、维生素等物质，进而导致手指甲出现营养不良，表面坑坑洼洼，有凹凸不平感，部分患者指甲变薄、易折断，患者需及时调整饮食结构，保证机体营养均衡，也可以通过鱼类、豆制品、蛋类等食物进行食补。
2. 手指甲外伤：可能是由于过重的硬物砸伤指甲或劈裂指甲的原因导致的，患者会出现手指甲有凹凸不平的症状。手指甲外伤比较严重的话，还可能会出现手指甲发青、局部指甲脱落等症状。一般情况下建议及时去医院进行检查，配合医生作出合理的治疗。
3. 银屑病：银屑病一般是由于免疫障碍、身体免疫失调以及金黄色葡萄球菌感染等因素造成的，患者手指甲会出现凹凸不平。银屑病比较严重的话，还可能会出现甲板畸形、甲床剥离等症状。一般情况下可以通过钙泊三醇、甲氨蝶呤、迪银片等药物治疗方式进行缓解。建议遵循医嘱使用药物，用药后症状如果没有减轻，建议及时去医院治疗。
4. 甲癣：多是由于患者长期处于潮湿、闷热的环境中，导致红色毛癣菌、须癣毛癣菌等感染手指甲局部，患者自觉甲板表面混浊、增厚，表面坑坑洼洼、凹凸不平，部分患者还可出现疼痛、甲下出血等症状。

除了以上原因，也可能是由于其他疾病导致的，比如出现指甲类的疾病像贫血或者是心脏的疾病都有可能导致手指甲出现坑坑洼洼的情况。如果出现手指甲坑坑洼洼的情况，还是需要去往医院就诊，确定具体原因后再进行相关治疗。