跑步时膝关节疼痛可能是由以下原因引起的：

1. 跑步方式不对：如果在跑步前没有做好充分的热身活动，或长时间不跑步后突然进行剧烈运动，可能会导致局部软组织、肌肉功能受到损伤，从而出现膝盖疼痛的现象。建议在跑步前一定要做好热身工作，如果长时间不运动，一定要慢跑，不要急速剧烈运动。也可以通过按摩的方法，能够暂时缓解疼痛症状。
2. 慢性损伤：如果膝关节长期负重或关节活动过度，可能会导致局部关节软骨出现慢性损伤，在跑步时可能会引起疼痛的感觉。此时建议及时就医进行检查，明确病因进行治疗。也可以通过热敷的方法，促进局部血液循环，缓解不适症状。
3. 骨关节炎：如果平时不注意生活习惯，经常翘二郎腿，并且体重过度肥胖，导致关节负担增加，可能会诱发骨关节炎，从而出现关节疼痛、关节僵硬等症状。患者可以遵医嘱服用塞来昔布胶囊、依托考昔片等药物缓解疼痛。如果症状严重时，则需要通过人工关节置换术，恢复关节功能。
4. 鞋子不合适：如果足弓过低或扁平足的人穿了不合适的跑鞋，会导致踝关节和膝关节的疼痛。
5. 跑步场地不合适：如果跑步时选择的场地弹性差，比如在坚硬的水泥地上跑步，很容易导致膝关节、踝关节等部位损伤，从而引起疼痛。
6. 突然运动：平时根本不运动，突然进行强度较大的跑步锻炼，关节部位没有一个适应的过程，一时承受不了过大的压力，就会产生疼痛感。
7. 运动强度过大：跑步时间过长或者强度过大，导致关节部位的活动量也相对增加，使得关节周围的肌肉等软组织出现劳损，关节磨损过度从而引起疼痛。
8. 姿势不正确：落地姿势不对、跨步幅度过大等都会增加对膝关节的冲击，容易出现膝关节疼痛。

总之，跑步时膝关节疼痛可能是由多种原因引起的。如果出现这种情况，建议先停下跑步，然后根据具体情况采取相应的措施缓解疼痛，以免对身体健康造成不良影响。