要彻底清除牙菌斑，需要综合运用以下几种方法：

1. 认真刷牙：每天至少刷两次牙，每次刷牙时间至少2分钟，确保口腔的每个角落（包括牙齿，牙龈，舌头和颊侧粘膜）都刷到。最好使用软毛牙刷和含氟牙膏，这能有效预防牙菌斑的形成并清除已经形成的菌斑生物膜。
2. 及时清洁牙缝：吃东西时食物的残渣会附着在牙缝里，需要借助牙线、牙缝刷和冲牙器等工具及时清理。
3. 进食后漱口：每天使用牙刷和牙线之外，还需要每天漱口两次，每次30秒。漱口水不仅可以用来清新口气，而且有助于减少菌斑上的细菌的堆积。
4. 避免食用粘性强的糖类食物：咀嚼粘性强的糖类食物（比如葡萄干、燕麦糖和粘性糖果）时，口腔中最难去除的就是粘性很强的糖类食物，因此要尽量避免食用这类食物。
5. 使用抗菌作用的漱口液：这有助于减少口腔内有害的细菌量。
6. 专业洁牙：如果牙菌斑已经与牙齿形成更紧密的结合，或者牙菌斑内的有害菌种类越来越丰富，则需要专业的口腔科医师给牙齿全方位的洁治并且打磨抛光，减少牙菌斑再次附着形成机率。
7. 牙周刮治：如果牙菌斑在牙龈下吸附形成，发育并成熟引起牙周疾病，建议寻找专业的牙周科医生做龈下刮治去除牙菌斑。刮治完成后，可以配合使用口服抗生素治疗，以及使用漱口液减少有害细菌量，并追踪复查口腔牙菌斑的沉积情况和牙周的口腔状况。

以上方法结合使用，可以更有效地清除牙菌斑。如果无法有效清除牙菌斑，建议咨询专业医生寻求帮助。