在刚怀孕三周时，小腹一阵一阵疼痛可能是以下原因造成的：
1. 受精卵着床：怀孕三周孕妇受精卵已经着床，并且不断分泌雌孕激素，可能会刺激子宫引起疼痛症状，属于正常现象。
2. 子宫增大：受精卵逐渐发育后，子宫也会随之增大，可能会牵拉周围韧带，出现阵发性疼痛症状，也属于正常的表现。
3. 饮食不当：进食食物过多或进食食物不洁时，会对胃肠道造成一定的刺激，容易出现腹痛症状，有时会伴随腹泻。
4. 阴道炎：孕妇在怀孕期间并未注意阴道卫生，容易使阴道受到感染引起炎症，刺激局部神经反射性引起腹痛，还会伴随外阴瘙痒或异味等症状。
5. 宫颈炎：孕妇阴道炎并未得到控制，致病菌也会感染宫颈出现炎症，多表现为腹痛、阴道分泌物增多、腰酸等症状。
6. 先兆流产：因孕妇腹部受到撞击或自身内分泌异常等，容易引起先兆流产，表现为腹痛，有时会伴随阴道少量流血。
请注意以上只是一些可能的原因。如果疼痛不缓解或者伴有其他症状（如阴道出血、发热、异常分泌物等），建议及时就医以排除任何可能的严重问题。
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