在大多数情况下，怀孕40天B超是能够看到孕囊的。但是也有一些特殊情况下，B超无法看到孕囊。
比如对于月经不规则的女性，可能存在排卵期的延迟以及受精卵形成时间比较长，40天B超可能看不到孕囊。另外，如果胚胎发育不好，有可能表现出胎停的现象，B超也可能看不到明显的孕囊。还有一种可能是宫外孕，在B超下无法显示宫腔内有孕囊的表现。
因此，怀孕40天B超如果没有看到孕囊，可以先不要担心。抽血测HCG进行动态的监测，并且结合动态的超声检查进行综合评判。以上信息仅供参考，具体情况还需医生根据患者的情况进行判断。
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