牙齿上肉发黑可能是由于多种原因造成的，包括牙结石、牙龈炎、先天性因素等。根据不同的原因，可以采取不同的治疗方法。

1. 牙结石：牙结石是附着在牙齿和牙龈之间的钙化或已钙化的菌斑和软垢，可能引起牙龈发黑。针对这种情况，可以采用龈上洁治术和龈下刮治术清除牙结石，使牙面光滑，不易再被附着。
2. 牙龈炎：牙龈炎是由牙菌斑中的微生物长期作用于牙龈而引起的炎症。祛除病因是治疗牙龈炎的关键，如进行牙齿洁治术。对于炎症较重者，可局部使用1%～3%过氧化氢溶液局部擦拭、冲洗和反复含漱。对于牙龈纤维增生明显、炎症消退后牙龈形态仍不能恢复正常的患者，可施行牙龈成形术以恢复牙龈的生理外形。
3. 先天性因素：部分人群由于先天性因素，牙龈处的黑色素细胞较多，导致牙龈发黑。这种情况对健康没有影响，一般不需要治疗。

在日常生活中，保持良好的口腔卫生习惯，定期进行牙周健康的检查，可以帮助预防和及时发现牙齿问题。如果牙齿上肉发黑的情况持续存在或加重，建议及时前往医院就诊，以便明确病因并采取针对性治疗。