喉咙有囊肿的原因有多种，具体如下：

1. 黏液滞留：喉部黏膜的分泌物无法顺利排泄出去，堵塞在喉部形成了囊肿，一般不会特别严重，但要时常观察，如果症状较为严重，需要在医生的指导下使用药物进行治疗。
2. 先天发育异常：先天性发育异常是咽喉囊肿的常见原因之一，该因素是患者天生的喉室小囊就大于常人，一旦喉部受到压力，就会很快形成囊肿，多数情况下需要通过囊肿切除手术进行治疗。
3. 长时间屏气：有部分患者从事的工作要求其能长时间的屏气，从而导致喉部的气体长时间只进不出，在喉部形成了囊肿。
4. 外伤引起喉咙部的感染或长期咳嗽对喉咙造成很大的刺激，可能会促使喉咙囊肿的形成。

喉咙囊肿包括会厌囊肿和声带囊肿，形成原因主要是粘液腺管阻塞，粘液分泌不畅。会厌囊肿患者一般没有主观症状，除非肿物较大，患者咽部会有异物感和阻塞感，检查可见会厌舌面，游离缘有大小不等的新生物，表面光滑。声带囊肿早期基本没有症状，较大的囊肿可能会出现声音嘶哑。对于较大的囊肿，通常难以自行消退，需要手术治疗。

以上信息仅供参考，当喉咙出现囊肿时，建议及时就医，在医生的指导下进行相应的治疗。