腰疼有褐色分泌物但没来月经可能是以下几种原因：
1. **先兆流产**：如果育龄期女性近期有过性生活，如果是该来月经，但是没有来，有腰疼以及褐色分泌物的症状，可能是先兆流产。可以去医院进行相关检查，如果确诊为先兆流产，应该要进行保胎治疗。
2. **宫颈炎**：如果排除怀孕，伴随着白带分泌物增多、外阴瘙痒、性交时疼痛等症状，还可能是宫颈炎。宫颈炎会有异常阴道出血的症状，主要表现为性交后少量出血，也可能是两次月经之间有额外的出血。可以在医生的指导下使用抗生素类的药物治疗。
3. **排卵期出血**：如果在排卵期出现了非经期的褐色分泌物，一般提示排卵期的时候黄体卵巢分泌雌激素水平低。这个时候治疗一般可以补充雌激素，然后根据检查结果对症治疗。
4. **黄体功能不足**：如果出现褐色分泌物的时间是在黄体期，也就是月经之前7~10天的时候出现褐色分泌物，一般提示黄体功能不足。治疗一般可以用黄体酮、地屈孕酮片对症调理。
5. **肾虚**：如果腰疼排除了器质性疾病，比如说腰肌劳损或者腰椎问题、肾脏结石或者是肾囊肿。非经期褐色出血的时候有腰疼，一般首先考虑肾虚。可以在医生的指导下口服六味地黄丸或者金匮肾气丸对症调理。
请注意，以上只是一些可能的原因。请务必及时就医，由医生进行详细的检查和诊断，以便得到正确的治疗。
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