牙齿上面的肉肿了一个大包可能有多种原因，包括以下几种：

1. 生理原因：可能是牙齿即将萌出的正常现象，通常会出现类似牙龈红肿的现象，这种情况通常无需特别处理，一段时间后就会好转。
2. 牙龈炎：由牙菌斑及其他因素引起的牙龈组织炎症，如果不及时治疗，可能会发展为牙周炎，表现为牙周组织局部红肿、质地变软、疼痛、口臭等症状。患者可以在医生的指导下服用抗炎药物，如甲硝唑、阿莫西林等，同时还可以进行洁治术，彻底清除菌斑、牙石，去除刺激因素。
3. 牙周脓肿：牙周炎晚期阶段，会在牙龈上反复出现脓肿起包，质软，溃破溢脓则缓解。尚能保留的牙齿需行牙周基础治疗如龈上洁治术、龈下刮治术，必要时行牙周手术治疗，不能保存的牙齿建议拔除。
4. 慢性根尖周炎：根尖周肉芽肿、根尖周脓肿会在牙龈表面形成排脓瘘管，当瘘管表面闭锁时，脓液积存而肿起，表面溃破后脓液溢出而肿消。通常可行根管治疗术达到保存患牙的目的，对于病变广泛不能保留的牙齿建议拔除。

以上信息仅供参考，建议及时就诊，在医生的帮助下明确病因，及时进行针对性治疗。