怀孕40天可以选择药流或手术流产，具体选择哪种方法，需要看患者本人的体质和怀孕的时间等相关因素来选择。
如果怀孕时间在40天到49天之间，可以选择药物流产，但药物流产有可能流不干净，如果发生这种情况，可能需要采取人工清宫手术。
如果怀孕时间超过49天，就不能选择药物流产了，此时应该选择人工流产方式，也就是通过手术来终止妊娠。
总之，如果没有怀孕的打算，同房时尽量做好避孕措施；如果需要流产，应到正规医院在医生的指导下选择流产方式。
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