眼睛磨得不舒服可能是由多种原因引起的。以下是一些可能的原因：

1. 倒睫：倒睫患者的睫毛向后方生长，容易触及眼球从而出现明显的异物感，且还会伴有流泪、畏光、眼部疼痛等症状。如果是因为睑内翻导致的倒睫，可以考虑进行手术治疗，矫正内翻现象，磨眼睛的症状也可以得到改善。
2. 眼结石：眼结石患者睑结膜上会出现多发的坚硬黄点，当突出于结膜面时会刺激角膜产生异物感，从而使患者感觉眼睛有摩擦感，甚至会导致角膜擦伤。患者可以在局部麻醉下行结石剔除术，改善不适症状。
3. 干眼症：干眼症患者因为泪液分泌障碍导致眼睛干涩、有异物感，眼睛干涩则在眨眼时容易出现摩擦不适的感觉。建议遵医嘱使用人工泪液湿润眼部，并积极寻找导致泪液分泌障碍的原因，采取针对性的治疗方法。
4. 结膜炎：出现结膜炎时，眼睛会出现磨损、流泪、充血等症状。局部可以选用抗生素，例如氧氟沙星、左氧氟沙星滴眼液进行局部的点眼治疗。晚上睡前，可以局部涂左氧氟沙星眼用凝胶。
5. 眼中异物：若患者从事切割机、砂轮等工作，也有可能是眼睛溅入了异物，引起不适，需要在裂隙灯显微镜下检查，让眼科医生明确诊断，取出异物。

以上是眼睛磨得不舒服的可能原因，请根据实际情况判断，也可以前往医院由专业医生进行诊断。