小便时疼痛可能是由于尿路感染或其他原因引起的，因此，选择药物治疗需要针对具体病因进行。
首先，如果是由尿路感染引起的小便疼痛，可以考虑使用抗生素进行治疗。常用的抗生素包括喹诺酮类抗生素，如诺氟沙星、氧氟沙星、莫西沙星等，以及头孢二代抗菌素如头孢呋辛，还有头孢三代抗菌素如口服头孢地尼或静脉输注类头孢曲松、头孢哌酮等。
其次，如果是由其他原因引起的小便疼痛，例如尿道结石、尿道狭窄等，这些疾病需要针对病因进行相应的治疗，如尿道结石取出、尿道狭窄扩张等。
此外，对于反复发作或病情较重的患者，建议及时就医并根据医生的建议进行相应的治疗，避免自行盲目使用药物。同时，需要注意个人卫生，多饮水，增加尿量，以帮助冲刷尿道，缓解症状。
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