凌晨3点醒来睡不着的原因如下：一、生理原因：睡眠过早如前一天晚上9点钟就上床自然睡眠，到第二天凌晨3点钟醒来，已经睡6个多小时，作为中老年人来说，可能睡眠时间足够，属于生理现象。二、病理原因：1、如情绪性疾病，抑郁症的患者容易出现早醒、睡眠时间不够；2、严重大脑疾病，如缺血、缺氧性疾病造成早醒；3、严重全身性疾病，如贫血、心脏病、心力衰竭、肝肾功能损害、恶性疾病早期的远隔效应等干扰睡眠，导致睡眠质量差，出现早醒现象。患者应该及时就诊查明原因，改变环境或者使用营养支持疗法等综合措施，主要是针对病因进行治疗，病因得到调整以后，再加上对症治疗就可以得到好的效果，可以争取好的预后。