喉咙两侧疼可能由于急性咽炎、急性咽扁桃体炎引起，具体如下：1、急性咽炎：属于上呼吸道感染，在受凉、劳累、淋雨后，呼吸道局部免疫力降低，导致病原体入侵，发生在咽部时则会出现咽部疼痛，表现为两侧疼痛。通常是由于病毒感染引起，可以进行对症治疗，如应用含片改善症状，或者使用清热、解毒的中成药进行治疗；2、急性咽扁桃体炎：由于细菌感染引起，如溶血性链球菌，需应用抗生素进行治疗。如果在扁桃体上发现脓性分泌物，则可以确诊为急性咽扁桃体炎。