早上起来嘴苦、口臭可能与口腔本身的病变有关系，也可能与口腔相连的呼吸道、消化道的病变有关系，也有可能是全身的系统性病变在口腔局部的反应，具体如下：1、口腔本身病变：比如有过多的食物残渣贮留，没有好好刷牙，慢性的牙龈炎、牙周的病变，均可能会导致口腔内细菌的滋生，导致口腔内的味道比较明显，出现嘴苦、口臭。长期吸烟的人也会导致口腔明显的异味；2、呼吸系统病变：口腔与呼吸道相通，部分呼吸道的疾病，比如慢性支气管炎俗称老慢支、支气管扩张症，总是咳嗽、咳痰，均会导致晨起有嘴苦、口臭的问题；3、消化系统病变：口腔与消化道也相通，部分消化系统的病变，常见的比如慢性胃炎、消化不良，会导致口腔当中出现明显的口气增加，特别是伴有幽门螺杆菌感染的病人，可能口苦、口臭会比较明显。