凌晨3点钟醒的原因如下：一、生理原因：随着年纪增长，如50岁左右，后半夜容易醒，晚上大段的睡眠消失，属于正常生理现象。如果醒过来上厕所或者看书、手机后能入睡，早上醒过来时，精神状态饱满，工作、学习、生活不受影响；二、病理原因：1、男性患者到50岁左右可能会出现前列腺增生，后半夜总是起夜。2、抑郁症、抑郁状态会导致早醒，这种情况会合并心烦、气急、紧张、担心、害怕的情况，患者情绪低落、消极沮丧。