腰肾两侧隐痛的主要原因如下：1、生理因素：例如长期疲劳、虚弱等；2、泌尿系梗阻性病变：如患者出现下尿路梗阻，可导致膀胱以下的尿液排出较为困难，长期可能导致肾脏输尿管扩张、积水的表现，进而出现局部隐痛；3、泌尿系感染：如果感染累及上尿路，引起肾盂肾炎，亦可导致不适、隐痛症状，除外可有炎症表现，如尿液化验时白细胞数值超标等；4、合并双侧泌尿系结石：也可能出现上述类似的症状。