13岁时月经长时间不干净，主要原因是内分泌失调。通常女性在11-12岁时来月经，13岁时下丘脑-垂体-卵巢的内分泌轴、器官等没有完全建立规律周期，易产生无排卵的月经。因为没有排卵，月经总是淋漓不尽，且部分患者不及时就诊，长时间流血可导致贫血、大出血的现象。还有部分较为罕见的原因，如妇科肿瘤性疾病，也会导致月经不干净，但在13岁女孩中较少见。更多的是因为内分泌失调所致，所以小女孩刚来月经时应注意观察月经，如果长时间不干净，需尽快就诊。