附件区巧克力囊肿，最好的治疗方法要根据囊肿大小决定，具体如下：1、手术治疗：如果巧克力囊肿直径已经＞4cm，可以考虑手术治疗，这是最好的方法。手术治疗又分为腹腔镜手术和开腹手术治疗，开腹手术相对便宜，腹腔镜手术相对较贵，但腹腔镜手术后恢复较快，建议根据自己的情况选择手术方式；2、保守治疗：如果巧克力囊肿直径没有＞4cm，也可以采取保守治疗方法，比如可以上曼月乐环进行治疗。曼月乐环属于高效孕激素，上到宫腔内会对抗雌性激素，使子宫内膜变薄，达到闭经的目的，病灶不会出现出血现象，能够控制巧克力囊肿生长。保守治疗期间，要定期前往医院做B超检查，了解巧克力囊肿是否出现增大等。