晨起肚子疼通常是胃肠道功能紊乱造成，最常见的为胃肠道功能紊乱疾病，即肠易激综合征。典型症状是腹痛、腹泻，排便后疼痛缓解。IBS也还有便秘型、混合型；胃肠道器质性疾病，如胃溃疡、十二指肠溃疡或结直肠炎；早上起来以后因为交感和迷走神经有交替，所以肠道会有蠕动功能方面的异常，包括胃酸分泌异常，也会引起肚子疼。 要注意除了肚子疼以外，有没有其它伴随症状，如大便习惯改变、性状改变。如果有这种情况要做便化验，有时甚至还要做肠镜，排除严重疾病，如炎性肠病甚至肠道肿瘤等。