肝内胆管结石的临床治疗方法多种多样，如肝内结石较小，无症状时，可先行临床观察，视其发展情况再做处理。如靠肝门较近，可行手术取石，但肝内胆管取石后易复发，因此肝内胆管结石可进行手术切除治疗，如左侧肝内胆管结石，可将左侧部分肝组织、胆管、结石切除，右肝若完好则可保留。特殊情况，如左肝、右肝，胆管内都存在结石的患者，治疗效果较差，严重时需行肝移植手术进行治疗。