怀孕39周小腹部隐隐作痛，主要原因如下：一、宫缩：子宫收缩在39周时已经开始产生，孕妇对于宫缩的主观感觉便是小腹隐隐作痛，痛感由弱渐强，由不规律到规律，由持续时间短到长，如果符合规律即属于宫缩。宫缩一旦规律，则提示为临产征兆，孕妇应及时入院待产。二、妊娠合并其他疾病：1、阑尾炎：如慢性阑尾炎、急性阑尾炎等；2、肠道痉挛：并且多伴随腹泻、恶心等胃肠道反应；3、输尿管结石：通常伴随尿常规改变；4、其他情况：孕期合并卵巢囊肿、子宫肌瘤，如卵巢囊肿发生扭转以及子宫肌瘤发生变性时，均可引起小腹隐隐作痛症状。