牙根囊肿手术是一个小的手术，手术本身不会有大的危险，但要求病人不能有严重的全身疾病，比如急性的心梗还在恢复期、尿毒症、严重的糖尿病、血压高等。全身疾病比较严重时，不能耐受小手术。牙根囊肿手术只需要切开后，用牙钻将牙根囊肿里的根尖部分切除，将周围发炎的牙组织、牙槽骨里发炎的组织清理干净。清理干净后，用生理盐水、双氧水、复方氯己定液等冲洗干净。有时还需要在囊壁的周围，用小的牙钻进行浅层的打磨，将发炎组织打磨干净。有条件的情况下，还可以再放骨粉，帮助修复囊肿的坑。