自身免疫性脑炎根据疾病轻重程度的不同,患者死亡率各异。如NMDA脑炎，死亡率和致残率较高,如未尽早识别、诊断，未给予相应免疫治疗，患者预后相对较差，据估测死亡率大概在10%-20%。具体死亡率与医院救治条件、诊疗手段、诊疗水平有关。临床上，多数患者出现呼吸肌麻痹，其与中枢性过度通气、通气不足有关，常面临气管插管、机械通气等情况。同时，自身免疫性脑炎存在药物不敏感，通常预后较差、死亡率偏高，需积极护理。